Os microrganismos podem estar presente na maioria dos alimentos. Sejam fungos (bolores e leveduras), bactérias ou vírus, sua presença nos alimentos são favorecidas, muitas vezes, pela riqueza de nutrientes presentes naquele meio. Os microrganismos, de forma geral, podem ser divididos em dois grandes grupos: aqueles que causam doenças, também chamados de patogênicos, e aqueles que não causam doenças, chamados de não patogênicos.

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